一）注册资本不同
想要注册公司，那最低注册资本为叁万元，假如只zhi有一个股东那注册资本为拾万元。商行属于个人独资，是不需要注册资本的。
（二）税务的缴纳不同
注册为公司。那肯定是公司的业务有一定实力了，在这种情况下，进货等肯定是要发票。假如登记营业，一个是要缴纳相应的税款，另一方面税务局不会上门进行税务稽查。这里当然希望大家都是好税民，没有什么问题，但有由于疏忽而造成的漏税等问题，一旦罚款，那也不是一个小数目。
假如业务量不大，注册商行就好了。因为商行往来是没有发票。营业税一个最低税，也就是说也要缴纳相应的这些税。注册商行的年审很简单。假如是注册公司，税务对就会比较关注，每个月都需要有会计来处理报税，人工费都是开销并且年审也是比较严格的。
（三）对风险的承担不同
注册公司被称为“有限责任公司”的，属法人公司，有注册资本和企业法人。假如公司在经营中亏损甚至破产，公司拥有人必须对所有债务负责，承担有限责任。公司破产的，可以向法院设立破产保护。比如注册公司的注册资本为一百万，而你欠伍佰万元，由于受到法律保护，只需要赔偿一百万就可以了。
商行即“个人独资公司”，由于个人独资没有法人资格和注册资本，只有一个负责人，商行其实和个体户很接近，这样的公司可以被视为无限公司，它有无限责任。其余的差别可以参照公司和个体户的区别。