食品流通许可程序包括申请、受理、审核、发放等。
一、申请
经营-向许可机关提出食品流通许可申请，应按照《食品流通许可证管理办法》的要求递交相关资料。
许可证发放部门受理人员向申办《食品流通许可证》的申请人发放《食品流通许可证申请书》，并一次性告知办理所需资料。
食品经营户办理食品流通许可证所需供应的书面资料：
（一）《食品流通许可申请书》；
（由申请人签字或盖章，已取得主体资格的加盖企业公章）
（二）名称预先核准通知书复印件。已取得主体资格的经营-申请增加食品经营项目的，提交营业执照副本复印件；
（三）经营场所的使用证明；
壹、自有房产提交房屋产权证复印件；
贰、租赁忘房屋提交租赁协议复印件以及出租方的房屋产权证复印件；
叁、有关房屋未取得房屋产权证的，属于城镇房屋的，提交房地产管理部门的证明或-竣工验收证明、购房合同及房屋销售许可证复印件；
肆、属非城镇房屋的，提交当地政府规定的相关证明；
伍、出租方为宾馆、饭店的，提交宾馆、饭店的营业执照复印件；
陆、使用军队房产作为住所的，提交《军队房地产租赁许可证》复印件。
（四）负责人及食品安全管理人员的身份证复印件；
壹、食品安全管理人员是指企业内部专职或兼职的食品质量安全负责人；
贰、个体工商户的食品安全专业技术工作与食品安全管理工作由业主承担
（五）委托书以及委托代理人或-指定代表的身份证明；
（六）食品安全管理制度文本；
壹、食品进货查验记录制度；
贰、食品销售安全管理制度；
叁、从业人员健康检查管理制度；
肆、法律法规规章规定应具备的其他制度条件。
（七）食品质量安全承诺书；
经营-自愿接受社会与群众监督，并为所经营的行为承担责任。
（八）经营设施空间布局与操作步骤的文件；
壹、食品经营设施空间布局图；
贰、操作步骤：审验供货商的经营资格，验明产品合格的证明文件与产品标识------清点、检查产品，建立食品进货查验记录制度，如实记录食品的名称、规格、数量、生产批号、保质期、供货-名称及联系、进货日期等内容-----上货架或贮存，定期检查库存食品，及时清理变质或-超过保质期的食品--------销售食品。
（九）经营设备清单；
（壹）预包装食品经营-应具备相应的货架等设备；
（贰）散装食品经营-应具备相应的防尘、防蝇等设备；
（叁）冷藏食品经营-应具备冷藏箱（柜）等设施。
货架、冷藏柜、清洁容器、展示柜、消毒柜、勺子、其他设备与工具。
（十）省级以上工商局规定应提交的其他资料。
二、受理
许可机关收到《食品流通许可证申请书》及有关资料时，应当对申请事项及相关资料进行审查，并按照下列情况分别作出处理：
（壹）申请事项依法不需要取得食品流通许可的，应当即时告知申请人不予受理。
（贰）申请事项依法不属于许可机关职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请。
（叁）申请资料存在可当场更正的错误，应当允许申请人当场更正，由申请人在更正处签名或-盖章，注明更正日期。
（肆）申请资料不齐备或-不符合法定形式的，应当当场或-伍日内一次告知申请人需要补正的全部内容。当场告知时，应当将申请资料退回申请人。属于伍日内告知的，应当收取申请资料并出具收到申请资料的凭据；逾期不告知的，自收到申请资料之日起即为受理。
（伍）申请资料齐全、符合法定形式，或-申请人按照要求提交了全部补正资料的，许可机关应当予以受理。
三、审查
许可机关应对申请人提交的相关资料进行审查。决定受理的，应当经县级工商行政管理局通知申请人经营地工商所进行现场核查。
现场核查
（一）工商所受理申请或-收到上级工商行政管理局的指定核查通知后，应当在伍个工作日内对经营现场实地核查；
（二）现场核查由工商所长指派贰名以上执法人员，对申请人的经营场地、设施、人员、制度等条件进行现场核查；
（三）对未达到食品流通许可证发放条件的，应当提出整改意见，经限期整改仍达不到食品流通许可证发放条件的，撤销受理决定并告知申请人；
（四）对经现场核查，符合食品流通许可证发放条件的，应当填写《食品流通许可现场核查报告书》，由核查人员、所长或副所长签署意见，连同申请受理资料一并报审核机关审核。
重点核查内容：
壹、食品经营场所是否与有毒、有害场所及其它污染源距离超过贰伍米（含贰伍米）；是否与有毒、有害物品一同存放。
贰、食品经营场所是否与个人生活空间分开；是否有单独的场所或以隔开物相分离；
叁、食品经营场所内部环境是否整洁、卫生。
肆、申请经营预包装食品的，是否具备相应的货架等设备设施；经营散装食品的，是否具备相应的防尘、防蝇等设备；经营冷藏食品的是否具备冷藏箱（柜）等设施。
伍、申请以批发形式经营的，是否具备相应存储条件。
经现场核查合格的，由核查人员签署"现场条件符合法定要求，提交核准人核准"的意见；现场条件可经改正后能够达到合格的，提出限期改正意见，伍日内重新核查；现场条件完全不合格的，签署不合格意见。
四、审核
审核机关应当对申请资料与《食品流通许可现场核查表》进行审核，自接受工商所审查资料之日起伍个工作日内作出许可决定。伍个工作日内不能作出决定的，经本行政机关负责人批准，可延长壹零个工作日，并应当将延长期限的理由告知申请人。
申请受理后至作出许可决定前，申请人书面要求撤回许可证申请的，工商所或审核机关应终止办理，并通知申请人。
重点审查内容为：
壹、《食品流通许可证申请书》是否按照规定填写；
填写申请书应当字迹工整，使用钢笔或签字笔（蓝色或-黑色）
贰、申请人名称是否与《名称预先核准通知书》一致；
叁、申请许可证的住所（经营场所）是否具体明确，与所提交的使用证明标注的地址是否一致；
经营场所应当具体核定到门牌号，核定为XX市（县XX区（乡镇）XX街（路）、村XX段XX号"，并与相关证明文件载明的门牌号相一致。
多家企业使用同一门牌号的经营场所的，申请人应当提交以建筑物为平面图的地址分割方位图示。
农村地址没有门牌号的，在申请人提交方位图示的情况下，将经营场所核定为"**村**组"。
肆、是否提交负责人及食品安全管理人员的身份证复印件；（身份证复印件是否粘贴）
伍、委托申请的，是否提交《指定委托书》及委托代理人或指定代表的身份证明；
陆、是否制定食品安全管理的相关制度；
柒、食品质量安全承诺书（负责人签字或盖章）
捌、经营设施空间布局与操作步骤的文件；
玖、是否提交与经营活动相适应的食品经营设备设施及工具清单；
壹零、应当进行重点审查的其他内容。
申请资料为复印件的，审查人员要与原件核对，在复印件上加盖核对戳记，由申请人签字予以确认。
五、发放
审核机关在作出准予许可决定后，应当在作出决定之日起伍个工作日内，将食品流通许可证件交由受理工商所在伍日内告知申请人领取。
审核机关依法作出不予许可决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或-提起行政诉讼的权利。
发证人员应当对制作的许可证正、副本与核准的事项进行检查后发放。
许可机关应当要求许可申请人或-其指定代表、委托代理人持身份证等有效证明与《准予许可通知书》领取许可证。